Tokyo, la veille de Noël. Trois marginaux, Gin, un clochard aigri et désabusé, Hana, une ex-drag queen et Miyuki, une adolescente fugueuse, trouvent un bébé abandonné en fouillant les poubelles. Touché par cette découverte, ce trio de héros bien improbables va alors se mettre en tête de retrouver les parents de la petite fille...
Sacha et ses amis ont échoué sur l'Île de Shamouti à la suite d'une tempête. Recueillis par les autochtones, les jeunes sont conviés aux festivités annuelles en l'honneur de trois oiseaux Pokémon géants : Sulfura, Electhor et Artikodin, qui règnent respectivement sur le feu, la foudre et la glace, assurant ainsi l'harmonie de la Nature.
Mais un collectionneur excentrique, Gelardan, a rompu ce précaire équilibre en investissant l'Île de Feu pour s'emparer de Sulfura, puis en capturant Electhor. Sitôt ces méfaits accomplis, les éléments climatiques se déchaînent : des vagues monstruseuses se forment à la surface de la mer, la banquise fond à vue d'oeil et de terrifiantes éruptions volcaniques se succèdent un peu partout à la surface du globe.
L'avenir de la Terre repose désormais sur le courage, l'endurance et l'astuce de Sacha, seul capable de libérer et de neutraliser les oiseaux captifs et de les empêcher de détruire à jamais notre chère planète.
Au XVe siècle, durant l'ère Muromachi, la forêt japonaise, jadis protégée par des animaux géants, se dépeuple à cause de l'homme. Un sanglier transformé en démon dévastateur en sort et attaque le village d'Ashitaka, futur chef du clan Emishi. Touché par le sanglier qu'il a tué, celui-ci est forcé de partir à la recherche du dieu Cerf pour lever la malédiction qui lui gangrène le bras.
Sur une Terre ravagée par la folie des hommes durant les sept jours de feu, une poignée d'humains a survécu. Menacée par une forêt toxique qui ne cesse de prendre de l'ampleur, cette poignée de survivants attend le salut de la princesse Nausicaä, capable de communiquer avec tous les êtres vivants.
Mewtow et ses amis, les clones des Pokémon ont enfin trouvé un endroit où ils pouvaient vivre en paix, bien loin du cruel monde humain... Dans Pokémon le film, Mewtwo avait effacé de toutes les mémoires toute trace de bataille entre lui, les Pokémon et la Team Rocket... Seul Giovanni, force maléfique derrière la création de Mewtwo s'en souvient... Le leader de la Team Rocket découvre leur cachette. Et il se trouve que Ash et ses amis les véritables Pokémon se trouvent sur l'île au même moment...