Sacha et ses amis ont échoué sur l'Île de Shamouti à la suite d'une tempête. Recueillis par les autochtones, les jeunes sont conviés aux festivités annuelles en l'honneur de trois oiseaux Pokémon géants : Sulfura, Electhor et Artikodin, qui règnent respectivement sur le feu, la foudre et la glace, assurant ainsi l'harmonie de la Nature.
Mais un collectionneur excentrique, Gelardan, a rompu ce précaire équilibre en investissant l'Île de Feu pour s'emparer de Sulfura, puis en capturant Electhor. Sitôt ces méfaits accomplis, les éléments climatiques se déchaînent : des vagues monstruseuses se forment à la surface de la mer, la banquise fond à vue d'oeil et de terrifiantes éruptions volcaniques se succèdent un peu partout à la surface du globe.
L'avenir de la Terre repose désormais sur le courage, l'endurance et l'astuce de Sacha, seul capable de libérer et de neutraliser les oiseaux captifs et de les empêcher de détruire à jamais notre chère planète.