Un nouveau Digimon doté de supers pouvoirs sort de son oeuf et commence à absorber toutes sortes de données digitales à un rythme effréné. Ce Digimon de l'Internet évolue bientôt vers son milieu, Diabormon, et finit par maîtriser tous les moyens de communication de notre planète. Il prépare alors une explosion nucléaire au Japon.
Le temps presse et seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau héros Digimon baptisé Omnimon, peuvent empêcher ce désastre à grande échelle.
Dans une deuxième aventure, un des plus fervents supporters des digi-élus est un jeune Américain nommé Wallace, par ailleurs compagnon de jumeaux Digimon. Cependant, le combat qui fait rage sur le Web finit par le séparer de l'un de ses amis.

Créés par les inventeurs des Tamagoshi, les Digimon sont devenus, avec les Pokémon, les nouveaux héros favoris des enfants. Lancés au Japon, aux Etats-Unis puis en Europe, leur succès est fulgurant : ils recueillent déjà les meilleurs scores d'audience (70 à 75 % de part d'audience sur TF1 et Fox Kids depuis septembre 2000).

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Le professeur Spencer Hale, spécialiste de la mythologie Pokémon, a disparu au centre de recherche de Greenfield. Affolée, Molly, sa fille, se laisse emporter par la magie des rêves au pays des Zarbi, de redoutables Pokémon qui ont le pouvoir de lire dans les esprits et de façonner des mondes virtuels. Elle s'engage alors dans une nouvelle dimension et se place sous la protection d'une créature géante : Enteï, en qui elle croit reconnaître son père.
Quelques jours plus tard, les Zarbi enlèvent la mère de Sacha pour lui faire tenir le rôle de celle de Molly, disparue deux ans auparavant. Prisonnière de ses chimères, la fillette ne se rend pas compte de l'imposture. Un mal étrange se répand alors sur Greenfield, transformant cette contrée idyllique en une mer de cristal. Tandis que le monde entier s'interroge sur cet inquiétant phénomène, Sacha part à la recherche de sa mère.

Mewtwo, le plus fort des pokémon, est créé en laboratoire grâce à un fragment d'ADN de Mew: le pokémon le plus rare au monde. Mais Mewtwo va se rendre compte qu'on attend de lui uniquement sa force, et non pas de l'affection, et il va donc détruire le laboratoire, mais Giovanni, le chef de la team rocket va le récuperer pour son compte personnel... mais là encore, Mewtwo va détruire le QG de la team rocket et s'enfuir. Par vengeance contre l'humanité, et aussi pour comprendre ses origines, il va inviter les meilleurs dresseurs de pokémon dans son 'manoir'.

Sacha et ses amis ont échoué sur l'Île de Shamouti à la suite d'une tempête. Recueillis par les autochtones, les jeunes sont conviés aux festivités annuelles en l'honneur de trois oiseaux Pokémon géants : Sulfura, Electhor et Artikodin, qui règnent respectivement sur le feu, la foudre et la glace, assurant ainsi l'harmonie de la Nature.
Mais un collectionneur excentrique, Gelardan, a rompu ce précaire équilibre en investissant l'Île de Feu pour s'emparer de Sulfura, puis en capturant Electhor. Sitôt ces méfaits accomplis, les éléments climatiques se déchaînent : des vagues monstruseuses se forment à la surface de la mer, la banquise fond à vue d'oeil et de terrifiantes éruptions volcaniques se succèdent un peu partout à la surface du globe.
L'avenir de la Terre repose désormais sur le courage, l'endurance et l'astuce de Sacha, seul capable de libérer et de neutraliser les oiseaux captifs et de les empêcher de détruire à jamais notre chère planète.